根据所了解的情况，新三板基础层、创新层、精选层主要在三个方面有所不同。这三个方面是企业门槛不同、投资者门槛不同、交易机制不同。具体如下：
企业门槛不同
基础层、创新层、精选层对挂牌企业的要求不同，精选层的门槛是三个层次中最高的。另外，监督部门对精选层企业的信息披露要求、监督管理也是更严格的。
投资者门槛不同
基础层、创新层、精选层对投资者的资金要求不同，基础层要求投资人前10个交易日账户资产日均不低于200万元，创新层是150元，而精选层是100万元。
交易机制不同
基础层、创新层采用的是集合竞价交易方式，基础层每一个小时撮合一次，创新层每10分钟撮合一次，而精选层采用连续竞价的方式进行交易。
综上所述，新三板基础层、创新层、精选层区别还是比较大的，大家需要选择合适自己的来进行投资。
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