第三阶段(2005年以来)，适应新形势，继续深化外汇管理体制改革。
2001年底我国加入世界贸易组织，对外经济迅猛发展，外贸顺差急剧扩大，外商来华投资踊跃，国际收支持续大额顺差，外汇储备于2009年6月末达到2.13万亿美元，是1993年底的100倍。
在此背景下，逐步取消了经常项目外汇账户开户审批和账户限额管理，允许企业自主保留外汇;取消外汇风险审查、外汇来源审查等对外直接投资行政审批项目;先后引入合格境外机构投资者(QFII)、合格境内机构投资者(QDII)等。
2005年7月，人民币汇率形成机制进一步改革，实行以市场供求为基础，参照一篮子货币进行调节的有管理的浮动汇率制度，人民币汇率弹性和灵活性显著增强，外汇市场加快发展。同时，还加强了外汇资金流入管理，如2008年实施出口收结汇联网核查，通过核对出口报关单数据，核查出口收汇是否有真实贸易背景，防止出口多收汇。这一时期，对外汇资金实行流入流出均衡管理的原则和制度逐步确立，资本项目可兑换进程稳步推进，贸易投资外汇管理不断便利化。2008年8月修订实施的《中华人民共和国外汇管理条例》(以下简称《外汇管理条例》)，突出了均衡管理原则和国际收支应急保障制度。
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